Sektor vodnog gospodarstva obavlja upravne i druge  stručne poslove koji se odnose na: 

1. praćenje primjene zakona, uredbi i drugih propisa iz oblasti vodnog gospodarstva,
2. praćenje stanja u oblasti vodnog gospodarstva, odnosno poduzimanje odgovarajućih mjera,
3. predlaganje i provođenje politike razvoja vodnog gospodarstva,
4. pripremanje i izrada nacrta zakona, uredbi i drugih propisa iz oblasti vodnog gospodarstva,
5. vođenje prvostupanjskog upravnog postupka i drugostupanjskog upravnog postupka, iz oblasti vodnog gospodarstva,
6. davanje odgovora na pitanja tijela zakonodavne i izvršne vlasti, kao i fizičkih i pravnih osoba koja se odnose na nadležnost Sektora
7. koordiniranje praćenja stanja vodnih resursa i priprema informacija iz oblasti upravljanja vodama;
8. uređivanje režima voda, zaštitu voda, zaštitu od štetnog djelovanja voda,
9. planiranje aktivnosti vodnog gospodarstva u oblasti uporabe, zaštite voda na području županije,
10. organizaciju, unapređenje, izradu i praćenje istraživačkih projekata u oblasti vodnog gospodarstva,
11. sudjelovanje u definiranju i ostvarivanju osnova vodnog gospodarstva, planova, upravljanju sustavom vodnog gospodarstva, financiranju vodoopskrbe i vodnog gospodarstva uopće,
12. osiguranje provođenja obrane od poplava i koordiniranje rada sa stožerom civilne zaštite, poduzećima vodnog gospodarstva prilikom nastupa redovne i izvanredne obrane od poplava,
13. sudjelovanje u definiranju, preuzimanju i ostvarivanju obveza koje se odnose na međužupanijske i međuregionalne vode,
14. izrada analitičkih, informativnih i drugih materijala iz nadležnosti Sektora;
15. obavljanje i drugih poslova koje proizlaze iz zakona, uredbi i drugih propisa,

Odsjeci u sklopu ovog sektora su:

• Odsjek za korištenje voda
• Odsjek za zaštitu voda i zaštitu od štetnog djelovanja voda