Unutarnje ustrojstvo Ministarstva temelji se na grupiranju istovrsnih i međusobno srodnih poslova koji čine jedinstvenu cjelinu, a proizlaze iz zakonom utvrđenog djelokruga rada. Poslovi iz djelokruga Ministarstva obavljaju se u temeljnim i u unutarnjim ustrojbenim jedinicama.

Za obavljanje istovrsnih, srodnih i međusobno povezanih upravnih i drugih stručnih poslova iz djelokruga Ministarstva za koje je potreban određen stupanj samostalnosti u upravljanju, utemeljuju se slijedeće temeljne ustrojbene jedinice:

• Sektor energetike, industrije i rudarstva,
• Sektor prometa i veza,
• Sektor trgovine, turizma i poduzetništva,
• Sektor poljoprivrede, šumarstva i veterinarstva
• Sektor vodnog gospodarstva,
• Sektor razvoja, pravnih i općih poslova,
• Sektor za koncesije

Za obavljanje poslova iz djelokruga  temeljnih ustrojbenih jedinica Ministarstva  u kojima postoji više vrsta poslova koji čine određenu samostalnu cjelinu  i čije obavljanje zahtijeva postojanje posebne ustrojbene jedinice i posebno upravljanje, obrazuju se slijedeće unutarnje ustrojbene jedinice:

1. U Sektoru poljoprivrede, šumarstva i veterinarstva: 

• Odsjek za poljoprivredu, veterinarstvo i prehrambenu industriju;
• Odsjek za šumarstvo i lovstvo;
• Odsjek za stočarstvo

2. U Sektoru vodnog gospodarstva: 

• Odsjek za korištenje voda;
• Odsjek za zaštitu voda i zaštitu od štetnog djelovanja voda;

3. U Sektoru razvoja, pravnih i općih poslova: 

• Odsjek za upravljanje i koordiniranje sredstava za razvoj i europske intagracije;
• Odsjek za pravne i kadrovske poslove,
• Odsjek za opće i računovodstvene poslove,

4. Sektor energetike, industrije i rudarstva, Sektor trgovine, turizma i poduzetništva, Sektor prometa i veza i Sektor za koncesije obrazuju se kao temeljne ustrojbene jedinice bez unutarnjih ustrojbenih jedinica